La maladie est cliniquement évidente à la naissance. La formation de bulles est généralisée et la guérison est accompagnée de cicatrices atrophiques ou parfois d'une hypopigmentation ou d'une hyperpigmentation ou, plus rarement, par la formation de tissue de granulation exubérant. Une dystrophie ou la perte des ongles est une caractéristique constante. Une kératodermie focale peut se développer avec le temps. La perte progressive et permanente de poils est souvent présente au niveau du cuir chevelu, des cils et des sourcils ; les poils du pubis et des aisselles sont en faible quantité ou ne se développement pas entièrement. Les lésions sur les muqueuses affectent principalement les cavités orales et nasales, mais il existe une grande variabilité selon les individus. L'atteinte oculaire a été rapportée chez quelques patients et comprend érosions et cicatrices cornéennes, et plus rarement ectropion. Les dents affichent fréquemment une hypoplasie de l'émail dentaire, provoquant des caries importantes. L'anémie chronique à causes multiples, avec un degré de gravité variable, est fréquente et peut être associée à un retard de croissance..
L'épidermolyse bulleuse jonctionnelle généralisée type non-Herlitz est due à des mutations sur les gènes COL17A1 (10q24.3), LAMA3 (18q11.2), LAMB3 (1q32) et LAMC2 (1q25-q31).